1.本局置局長一人。
2.副局長一人、技正三人、秘書一人。
3.本局所屬單位：疾病管制科、醫政科、心理衛生及毒品防制科、保健科、稽查科、食品藥物管理科、企劃科、行政科、會計室、政風室、人事室。
4.本局所轄衛生所和單位：25個平地衛生所和8個山地衛生所、屏東縣檢驗中心。
