✔ 日治時期，屏東市役所設有衛生課及屏東郡役所警察課設衛生技手。
✔ 民國三十四年，屏東市政府接收上述機關及有關人員。
✔ 民國三十五年五月一日成立屏東市衛生院，內設醫政、防疫、保健、總務四股。
✔ 民國三十九年十月，屏東市衛生院改為屏東縣衛生院。
◆第一課：掌理保健教育、學校衛生、防疫、醫療救護、初級衛生人員之訓練事項。
◆第二課：掌理環境、食品、工廠衛生。
◆第三課：掌理醫藥行政及藥械供應等事項。
◆第四課：掌理文書、庶務、出納及不屬其他各課事項。
◆試驗室：掌理臨床檢驗及化驗鑑定事宜（主要檢驗性病、嗎啡)。
◆主計員：主計佐理員：衛生經費預算、決算、生命統計等。
◆人事管理員：人事管理業務。
✔ 民國五十一年九月衛生院改制為衛生局。
◆第三課改掌理有關醫政、災害救護及醫師人員之登記管理。
◆第四課改掌理藥政及藥械供應事項及藥師人員管理事項。
◆(增設)第五課：掌理公共衛生護理，助理及其他有關事項。
◆(增設)第六課：掌理文書、庶務、出納及不屬其他各課事項。
◆衛生檢驗室：掌理公共衛生檢驗事項。
✔ 七十一年九月衛生局主計員，修正為會計員。
✔ 民國七十三年九月衛生局組織修正：
◆第三課：醫政管理。
◆第四課：藥政管理。
◆第五課：護產行政、婦幼衛生、家庭計畫、基層保健。
◆第六課：公共衛生事項。
◆第七課：食品衛生。
◆人事室：人事管理業務(包括保防安全有關事宜)。
◆主計室：辦理歲計會計、統計事務。
◆總務室：掌理文書、庶務、出納及不屬其他各課事項。
✔ 民國七十七年十一月一日環保局成立，其環境衛生由第二課移除，民國八十一年九月十六日設置政風室，人員由人事室 之人事移撥，分掌業務為政風工作。
✔ 民國九十三年四月衛生局組織改為：
◆疾病管制課
◆醫政課
◆藥政課
◆保健課
◆檢驗課
◆食品衛生課
◆企劃課
◆行政室
◆會計室
◆政風室
◆人事室
✔ 民國九十七年三月衛生局改為屏東縣政府衛生局：
◆疾病管制科
◆醫政科
◆藥政科
◆保健科
◆檢驗科
◆食品衛生科
◆企劃科
◆行政科
◆會計科
◆政風科
◆人事科
✔ 民國九十八年九月部分單位異動：
會計科 → 會計室
政風科 → 政風室
人事科 → 人事室
✔ 民國一O五年四月單位異動：
藥政科 → 藥政及毒品防制科
檢驗科 → 屏東縣檢驗中心(本局檢驗科及屏東縣政府環境保護局檢驗科合併成立)
※新成立單位 → 稽查科
✔ 民國一一O年一月單位異動：
藥政及毒品防制科 → 心理衛生與毒品防制科
食品衛生科 → 食品藥物管理科