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發展沿革
*日據時期,屏東市役所設有衛生課及屏東郡役所警察課設衛生技手。

*民國三十四年,屏東市政府接收上述機關及有關人員。

*民國三十五年五月一日成立屏東市衛生院,內設醫政、防疫、保健、總務四股。

*民國三十九年十月,屏東市衛生院改為屏東縣衛生院。
◆第一課:掌理保健教育、學校衛生、防疫、醫療救護、初級衛生人員之訓練事項。
◆第二課:掌理環境、食品、工廠衛生。
◆第三課:掌理醫藥行政及藥械供應等事項。
◆第四課:掌理文書、庶務、出納及不屬其他各課事項。
◆試驗室:掌理臨床檢驗及化驗鑑定事宜(主要檢驗性病、嗎啡)。
◆主計員:主計佐理員:衛生經費預算、決算、生命統計等。
◆人事管理員:人事管理業務。

*民國五十一年九月衛生院改制為衛生局。
◆第三課改掌理有關醫政、災害救護及醫師人員之登記管理。
◆第四課改掌理藥政及藥械供應事項及藥師人員管理事項。
◆(增設)第五課:掌理公共衛生護理,助理及其他有關事項。
◆(增設)第六課:掌理文書、庶務、出納及不屬其他各課事項。
◆衛生檢驗室:掌理公共衛生檢驗事項。

*七十一年九月衛生局主計員,修正為會計員。

*民國七十三年九月衛生局組織修正:
◆第三課:醫政管理。
◆第四課:藥政管理。
◆第五課:護產行政、婦幼衛生、家庭計畫、基層保健。
◆第六課:公共衛生事項。
◆第七課:食品衛生。
◆人事室:人事管理業務(包括保防安全有關事宜)。
◆主計室:辦理歲計會計、統計事務。
◆總務室:掌理文書、庶務、出納及不屬其他各課事項。

*民國七十七年十一月一日環保局成立,其環境衛生由第二課移除,民國八十一年九月十六日設置政風室,人員由人事室 之人事移撥,分掌業務為政風工作。

* 民國九十三年四月衛生局組織改為:
◆疾病管制課
◆醫政課
◆藥政課
◆保健課
◆檢驗課
◆食品衛生課
◆企劃課
◆行政室
◆會計室
◆政風室
◆人事室

*民國九十七年三月衛生局改為屏東縣政府衛生局:
疾病管制科
◆疾病管制科
◆藥政科
◆保健科
◆檢驗科
◆食品衛生科
◆企劃科
◆行政科
◆會計科
◆政風科
◆人事科

*民國九十八年九月部分單位異動:
會計科 → 會計室
政風科 → 政風室
人事科 → 人事室

*民國一O五年四月單位異動:
藥政科 → 藥政及毒品防制科
檢驗科 → 屏東縣檢驗中心(本局檢驗科及屏東縣政府環境保護局檢驗科合併成立)
*新成立單位 → 稽查科